Android Studioにてフレーバーを設定し、フレーバーディレクトリ内に AndroidManifest.xmlを作成してバージョン番号を定義した結果エラーに。
build.gradleにて defaultConfigと productFlavorsを適用した AndroidManifest.xmlに既に versionCode/versionNameが定義されているのを上書きしようたという事のよう。
件の属性を追加してもいいようだけど、defaultConfigにて定義されているのを上書きしているのが原因なので productFlavorsに versionCode/versionNameを記述するのが正解。*1
*1 記法は defaultConfigに習う