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C:\Program Files (x86)\MSBuild\Microsoft.Cpp\v4.0\V120\Microsoft.CppBuild.targets(381,5): warning MSB8028: The intermediate directory (Debug\) contains files shared from another project (XXX.vcxproj). This can lead to incorrect clean and rebuild behavior

VS2005で使っていたディレクトリをそのまま VS2013に持ってきてビルドしたときに発生。
メッセージの意味はわかるのだけど、クリーンやリビルドをしてみても解決しない。
Debugディレクトリを丸ごと削除したらようやっと解決した。
実際には Debug/Release/x64を綺麗さっぱり。