1.45.0からリンクエラーが出ていたのは仕様が変わったためだとか。<Exporting Class Serialization
要は、多重定義エラーが出るような使い方には別の方法を用意したと。
別の方法というのが「従来 BOOST_CLASS_EXPORT(hoge)を書いてきた箇所は BOOST_CLASS_EXPORT_KEY(hoge)に書き直し、別途 .cppに BOOST_CLASS_EXPORT_IMPLEMENT(hoge)をまとめて記述する」というかなり泥臭い方法。
1.45.0でエラーが出て、エラーの意味を考えるとそういうコーディングをする必要があるんだろうなと睨んでいた回避方法そのまま。
「やってられん」というのが正直なところ。