Error:com.android.builder.dexing.DexArchiveBuilderException

MultiDexを有効にしてしばらくしたら遭遇した例外。
Settings – Build, Execution, Deployment – Instant Run – Enable Instant Run to hot swap code/resource changes on deploy(default enabled)のチェックを外したら直った。
他のメッセージも含めて考えるに、MultiDex利用時に Instant Runがうまく動かない事があるという事かね。